La “nuova” chiesa dedicata a Santa Maria delle Grazie costituisce un unico corpo con l’antica chiesetta omonima. Fu eretta per andare incontro alle esigenze dei pellegrini che affluivano sempre più numerosi a San Giovanni Rotondo.
La chiesa, progettata dell’architetto Giuseppe Gentile di Boiano (CB), fu iniziata il 2 luglio 1956 e fu consacrata dal vescovo di Foggia il 1 luglio 1959.
La navata centrale è dominata da un mosaico eseguito della scuola vaticana, raffigurante originariamente solo la Madonna delle Grazie, opera del prof. Bedini, alla quale è stata ora aggiunta la figura di San Pio e di un angelo sulle nuvole.
La riproduzione in calce al mosaico degli stemmi dei comuni di Pietrelcina e di San Giovanni Rotondo stanno a rimarcare la comune, immensa gioia delle due popolazioni per la santificazione del Padre.
Altri otto mosaici abbelliscono gli altari delle due navate laterali. La chiesa è ricca di marmi pregiati.
Nel piano sottostante c’è la cripta di Padre Pio da Pietrelcina, le cui spoglie restarono a San Giovanni Rotondo per esaudire un suo desiderio. Esse sono state custodite nella cripta per oltre quarant’anni, sotto un blocco monolitico di marmo verde del Labrador a forma di sarcofago, pesante 30 quintali.
A latere, una epigrafe ricorda le parole di Padre Pio scritte a Francesco Morcaldi, sindaco di San Giovanni Rotondo, che possono essere considerate parte del suo testamento spirituale per il popolo “prediletto” della città garganica:
“Io ricorderò sempre cotesto popolo generoso nella mia povera ed assidua preghiera, implorando per esso pace e prosperità e quale segno della mia predilezione, null’altro potendo fare, esprimo il mio desiderio che, ove i miei superiori non si oppongano, le mie ossa siano composte in un tranquillo cantuccio di questa terra” (12 agosto 1923).
Il 19 aprile 2010 la salma di Padre Pio è stata traslata nella cripta del nuovo santuario San Pio da Pietrelcina di Renzo Piano, nella quale fanno da stupenda cornice i bellissimi mosaici realizzati da Padre Marko Rupnik.
