E’ la chiesa matrice di San Giovanni Rotondo. Nel 1676 tra il Duca Geronimo Cavaniglia e l’arcivescovo sipontino Vincenzo Maria Orsini , futuro papa Benedetto XIII, sorge un’aspra controversia riguardante l’amministrazione della chiesa di San Leonardo Abate. I sangiovannesi si schierano col duca. L’arcivescovo effettua delle visite pastorali e rileva che la popolazione pratica usi e costumi superstiziosi, tra cui quello delle donne zitelle che il martedì in Albis, dopo aver raggiunto a piedi nudi la chiesa di Sant’Egidio, a qualche chilometro dal paese, si calzano dietro l’altare in segno propiziatorio per il matrimonio. Rileva anche le pessime condizioni della chiesa matrice e la ritiene inidonea a svolgere la funzione di tempio di Dio. Pertanto ordina la cessazione di ogni pratica superstiziosa e l’abbattimento della predetta chiesa , con obbligo di riedificarla a spese della collettività. I sangiovannesi ignorano l’interdetto e l’arcivescovo scomunica tutti. In questo frangente si sviluppa un morbo misterioso che attacca i sangiovannesi e provoca circa 500 vittime su una popolazione complessiva di 2690 anime. Si pensa ad un castigo di Dio e vengono avanzate istanze di revoca della scomunica; ma questa viene revocata soltanto dopo la sottomissione personale del duca e di tutti coloro che hanno provocato la disobbedienza della popolazione. Il 26 ottobre 1678 viene posta la prima pietra della nuova chiesa di San Leonardo.
Essa ospita una statua lignea di ottima fattura del santo patrono della Città, risalente certamente ad epoca anteriore al 1676.
Nella chiesa matrice aveva sede la Congregazione di S. Giovanni Battista, della quale si ha memoria del funzionamento fino al 1729. Detta Congregazione era già esistente nel 1678, giacché il Cardinale Orsini impiegò nella costruzione della nuova chiesa gran parte delle sue ricche rendite.
Parimenti aveva sede nella chiesa matrice la Congregazione del SS. Sacramento, istituzione antichissima, con l’altare del Crocefisso, eretto nel 1694: nel 1776 ottenne anche il Regio exequatur.
